这两个概念都是针对货物的，不是针对船舶的——
“过境”：货物在本港兜了一圈啥也没干，继续驶往下一港。比如船舶在本港进行避风、补给、或者对其他货物进行装卸，未进行装卸继续驶往下一港的货物在本港就属于过境。

“中转”：货物在本港转移到另一艘船上，由另一艘船运输前往下一港。比如海船进江，上行到了一定的位置就受吃水限制不能再上行了，得换小船继续上行运到目的港。